日本経済新聞　http://www.nikkei.com/article/DGXNASFS12038_S2A111C1PP8000/

　政府税制調査会は12日の会合で、医療機関の税負担が減る「益税」の原因とされる納税制度を見直すことで合意した。社会保険の対象にならない自由診療で多額の収入がある医療機関は、実際よりも多く経費が計上できる可能性がある「概算経費」の適用から外す。収入の大きな医療機関が税負担で優遇される事態を回避する。

　医療機関が収入から差し引く経費を計算する際に、一定の「概算経費率」を適用する対象から自由診療の多い医療機関を外す。厚生労働省の提案に沿って調整を進めることにした。2013年度税制改正での実現を目指す。

　現行の制度は社会保険の診療報酬による収入が5000万円以下の小規模な医療機関が対象。事務負担を軽くするのが目的だが、実際の経費を概算の経費が上回れば、課税対象の所得が減って税負担が抑えられることになる。

　医療機関には診療報酬が少なくても、自由診療で多額の収入のある場合がある。厚労省の調査では制度を適用された医療機関のうち総収入が7000万円を超える層では４割以上が自由診療の収入だった。規模の大きな医療機関は経費率が低い傾向にあり、概算経費を適用すれば「益税」となっている可能性がある。

　制度の問題点は会計検査院も指摘していた。ただ、概算経費率そのものが実際の経費率に比べて高すぎるのではないかという指摘に対しては、厚労省が実態に近いとする調査結果を提示した。今後、詳細なデータを追加して議論を進める。

内閣府・　平成24年度　第6回税制調査会（11月12日）資料一覧　http://www.cao.go.jp/zei-cho/gijiroku/zeicho/2012/24zen6kai.html

＞＞＞＞自由診療で収入が上がっている部分に課税するのは妥当と考えます。